การดำเนินงานโครงการจัดตั้งห้องเรียนวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ (โปรแกรมวิทย์-คณิต) ให้กับโรงเรียนที่เป็นเครือข่ายการพัฒนายกระดับคุณภาพการศึกษา นับเป็นบทบาทสำคัญของมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา โดยการบูรณาการร่วมกันของหน่วยงานภายใน ได้แก่ คณะวิทยาศาสตร์เทคโนโลยีและการเกษตร ประกอบด้วย คณาจารย์จากหลักสูตรคณิตศาสตร์ (ค.บ.5 ปี) วิทยาศาสตร์ทั่วไป (ค.บ. 5 ปี) คอมพิวเตอร์ศึกษา (ค.บ.5 ปี) เคมี (วท.บ.4 ปี) ฟิสิกส์ (วท.บ.4 ปี) ชีววิทยา (วท.บ.4 ปี) วิทยาการคอมพิวเตอร์ (วท.บ.4 ปี) เทคโนโลยีสารสนเทศ (วท.บ.4 ปี) และบุคลากรจากศูนย์วิทยาศาสตร์ ร่วมกับการบูรณาการการทำงานร่วมกันกับโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาควบคู่สามัญ จำนวน 6 โรงเรียน สำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดยะลา และสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอที่ดูแลโรงเรียนในโครงการ ผนวกกับนโยบาย
ของมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลาในการส่งเสริมการยกระดับคุณภาพการศึกษาในพื้นที่ ทั้งนี้ เพื่อวางฐานไปสู่การพัฒนาเป็น "สถาบันพัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษาจังหวัดชายแดนใต้" ในอนาคต ซึ่งจะเป็นหน่วยงานภายใต้กำกับของมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา มุ่งเน้นการพัฒนาครูในพื้นที่จังหวัดชายแดนใต้ทั้งระบบมุ่งไปสู่การสร้าง Teacher 4.0 และร่วมกับคณะครุศาสตร์ ผลิตบัณฑิตครูนักปฏิบัติการมืออาชีพ ใช้หอพักเป็นฐาน เป็นบัณฑิตที่มีความรู้ ความเชี่ยวชาญ มีคุณลักษณะและทักษะเหมาะสมกับบริบทจังหวัดชายแดนใต้ต่อไป โดยมหาวิทยาลัยฯ กำหนดเป็นโครงการยุทธศาสตร์มุ่งเป้า (Flagship Project) ไว้ในแผนยุทธศาสตร์มหาวิทยาลัยราชภัฏยะลาสู่ความเป็นเลิศ ระยะ 10 ปี (พ.ศ. 2560-2569)
สำหรับในปีงบประมาณ พ.ศ. 2559 ที่ผ่านมา โครงการ SMP มีเป้าหมายหลักในการดำเนินงาน คือ การพัฒนาห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์ และห้องปฏิบัติการคณิตศาสตร์ใน
6 โรงเรียนเครือข่าย ทั้งการปรับปรุงสภาพห้องเรียนให้ใช้การได้อย่างดี เหมาะสำหรับเป็นห้องปฏิบัติการ การจัดหาครุภัณฑ์วิทยาศาสตร์ จัดหาสื่อโสตทัศนปกรณ์ หนังสือ และการจัดหาวัสดุ สารเคมีสำหรับการทดลองแต่ละการทดลองตามหลักสูตร ที่สำคัญก็คือ การพัฒนาครูวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ที่รับผิดชอบสอนในโครงการ SMP ให้มีทักษะการจัดการเรียนรู้แบบบูรณาการ ใช้ปัญหาในพื้นที่เป็นฐาน จัดทำเป็นโครงงานวิทยาศาสตร์ นำเสนอโครงงานในกิจกรรมวิชาการ โดยมีอาจารย์ผู้เชี่ยวชาญในแต่ละสาขาจากมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลาเป็นโค้ช (Coach) จับคู่ให้คำแนะนำ เป็นที่ปรึกษา และลงนิเทศก์ในพื้นที่โรงเรียน ทั้งนี้ เพื่อให้การพัฒนาคุณภาพครูในโครงการ SMP ดำเนินการอย่างต่อเนื่อง เพราะครูเป็นปัจจัยสำคัญในการปฏิรูปกระบวนการเรียนรู้ นอกจากนั้น ยังมีกิจกรรมการวิจัยติดตามประเมินผลโครงการ เพื่อนำผลวิจัยที่ได้มาใช้ในการปรับปรุงโครงการ SMP ในปีต่อไปให้มีคุณภาพ ตรงตามความต้องการของผู้มีส่วนได้ส่วนเสียให้มากที่สุด